2008年-2013年，甲公司从4家劳务派遣公司取得合计146226770.12元的虚开发票，在虚开发票名目下为本公司员工发放工资性支出145422763.12元，这些支出均在企业所得税税前扣除。某区法院认为，原告虚开发票套取本企业资金，其行为违法，但并不必然导致原告使用套取的资金给职工发放工资违法。本案争议的有关工资性支出是原告生产经营中客观存在的成本，被告根据原告资金来源的违法性，否定原告为职工支付工资的合理性，既不符合企业所得税法第八条之规定，也存在主要证据不足的问题。被告认定有关工资性支出为应调增应纳税所得额，依法不能成立，以此为依据作出的税务处理决定依法应予撤销。笔者认为，该案中，税务部门败诉的主要原因是，有关执法人员没有关注到增值税与所得税法规的行政逻辑不同，以及由此引发的法治要求不同。增值税与所得税的行政逻辑不同，在于增值税实行以增值税扣税凭证为载体的抵扣管理机制，当增值税扣税凭证为虚开时，相关的进项税不得抵扣，已经抵扣的要作转出处理；而所得税则实行严谨的成本核算机制，企业所得税税前扣除强调要遵循真实、配比、合理、相关性、确定性等基本原则。
